Alors que, dans un futur proche, la lune est colonisée par l'homme, Kei, son frère Apep et leur père, M. Heidemann, y découvrent les Emblem-Seeds, des espèces de cristaux extraterrestres liés à un vaisseau étrange aux capacités encore inconnues. Une puissance sans limite semble liée à la compréhension et à la maîtrise de cette technologie d'un autre monde, ce qui attire bien des convoitises. Malheureusement, la côtoyer de près n'est pas sans risque : Apep sera bientôt corrompu et, acquérant d'étranges pouvoirs, désirera en avoir toujours plus. Sunaô, un jeune homme doué de pouvoirs extrasensoriels, ami d'enfance de Kei, sera le seul personnage de taille à s'opposer à lui. Tout cela sous l'oeil intéressé de l'ONU et d'une puissante société du nom de Dieskarts, qui attendent, chacune de leur côté, le bon moment pour profiter de la situation...